Bernd Klauer doet voornamelijk onderzoek als watereconoom naar waterschaarste- en kwaliteitsproblemen in Duitsland, de EU, Jordanië en India. Hij werkt in disciplines als de economie van watervoorraden, ecologische economie, milieu- en hulpbronneneconomie, duurzaamheidswetenschap, bestuurskundig onderzoek en interdisciplinaire samenwerking met hydrologen, ecologen, juristen, filosofen en politicologen. De belangrijkste onderwerpen van zijn onderzoek zijn: ydro-economische modellering, beheer van waterbronnen, beslissingsondersteuning en geïntegreerde beoordeling, multicriteria en monetaire waardering, theorie op het raakvlak van economie en ecologie, onzekerheid en onwetendheid.