Debaere is internationaal econoom, met een focus op internationale handel, multinationals en handelsbeleid. Hij is ook een waterexpert. De laatste jaren bestudeert hij de economie van water, vooral in een globale context: In hoeverre bepaalt waterschaarste wat landen produceren en verhandelen? Wat verklaart het opmerkelijke patroon van watergebruik in de Verenigde Staten, en is de Amerikaanse ervaring repliceerbaar in het buitenland? Hoe kunnen watermarkten werken als hulpmiddel in de strijd tegen waterschaarste? Met een Rockefeller Grant onderzoekt Debaere momenteel samen met The Nature Conservancy het gebruik van watermarkten voor milieudoeleinden in de Verenigde Staten, Chili en Mexico. Veel van zijn publicaties zijn besproken in studieboeken en cursussen. Bij Darden en UVA leidt Debaere het Global Water Initiative dat wetenschappers van over de hele UVA samenbrengt om onderzoek te doen, les te geven en beleidsadvies te geven over de wateruitdagingen waar we voor staan. Debaere's artikelen zijn gepubliceerd in vooraanstaande algemene en vaktijdschriften zoals Journal of Political Economy, American Economic Journal: Applied, Journal of International Economics en Journal of Development Economics, maar ook in beleidsgerichte tijdschriften zoals Water Policy.